第一，固态硬盘成本高　目前的固态硬盘的每GB价格与传统硬盘相比依然有一定的差距，随着固态硬盘不断的发展，固态硬盘在2012年内每GB将低于1美元。固态硬盘将于2013到2016年内普及。

第二，目前固态硬盘最大容量远低于传统硬盘。传统硬盘的容量仍在迅速增长，据称已测试过4TB的传统硬盘。 第三，由于不像传统硬盘那样屏蔽于法拉第笼中，固态硬盘更易受到某些外界因素的不良影响。如断电(基于DRAM的固态硬盘尤甚)、磁场干扰、静电等。

第四，写入寿命有限(基于闪存)。一般闪存写入寿命为1万到10万次，特制的可达100万到 500万次，然而整台计算机寿命期内文件系统的某些部分(如文件分配表)的写入次数仍将超过这一极限。特制的文件系统或者固件可以分担写入的位置，使固态硬盘的整体寿命达到20年以上。

第五，数据损坏后难以恢复。一旦在硬件上发生损坏，如果是传统的磁盘或者磁带存储方式，通过数据恢复也许还能挽救一部分数据。但是如果是固态存储，一但芯片发生损坏，要想在碎成几瓣或者被电流击穿的芯片中找回数据那几乎就是不可能的。当然这种不足也是可以牺牲存储空间来弥补的，主要用RAID 1来实现的备份，和传统的存储的备份原理相同。由于目前SSD的成本较高，采用这种方式备份还是价格不菲。

第六，电池航程较短，能耗较高，根据实际测试，使用固态硬盘的笔记本电脑在空闲或低负荷运行下，电池航程短于使用5400RPM的2.5英寸传统硬盘。基于DRAM的固态硬盘在任何时候的能耗都高于传统硬盘，尤其是关闭时仍需供电，否则数据丢失。