曙光GPU集群管理全面护航中山大学

it168 发表于:12年09月25日 13:48 [转载] IT168

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[导读]针对中山大学的GPU通用计算特点,曙光高性能解决方案小组分析得出,在上面所列的各种应用中,线性方程组的求解占据重要位置。为此,曙光公司针对稠密、稀疏线性方程作GPU并行化测试。稠密线性方程组在NVIDIA Tesla C2050 GPU下加速3倍;对稀疏线性方程组,与INTEL Xeon X5650 CPU相比,NVIDIA Tesla C2050 GPU能获得5-10倍的加速。

三套网络,专网专用。高速计算网采用Inifiband 40Gbps全互联高速网络,用于并行计算时的数据交换和计算通讯;数据网亦称接入网,采用高性能千兆以太网,主要用于用户接入、IO读写等,同时数据网又作为高速计算网的备份;管理网采用千兆以太网,用于系统管理控制、系统监控、作业的递交、作业监控等监控管理方面的数据通讯,同时管理网又作为数据网的备份。

众多并行基础软件。集群应用范围很广,因此需要很多基础软件。操作系统:业界知名的Suse 64位企业版Linux操作系统,性能卓越,安全可靠。MPICH和LAM-MPI:最稳定、适用性最好MPI实现,用于跨结点并行程序的开发。并行虚拟机PVM:用于异构系统下的并行程序开发。编译环境:提供GNU C/C++编译器、GNU Fortran77/90/95编译器、PGI/Intel C/C++、Fortran编译器、Java、Python、QT、PERL开发环境,满足多种程序开发需求;特别提供用于GPU程序开发的驱动、cudatoolkit和gpucomputing SDK.

数学库,程序优化的重要手段。曙光提供AMD核心数学库ACML、基本线性代数库BLAS、针对特定平台性能调优的高性能BLAS库GOTO和ATLAS、线性代数计算子程序包LAPACK、可扩展线性代数库ScaLAPACK、并行可扩展科学计算工具箱PETSc、傅里叶变换数学库FFTW。

高性能计算平台管理软件。曙光自主研发的Gridview支持GPU计算监控,用户可随时了解GPU软硬件信息,如GPU的型号、软件版本、主频、风扇转速和温度变化等。

曙光高性能案例:曙光GPU集群管理全面护航中山大学

曙光Gridview软件监控界面

曙光公司表示,该系统的构建主要遵从用户的实际需求,秉承先进型、成熟性、可靠性、以及可扩展性的原则,不仅能够满足目前业务的需要,还能适应未来技术发展的趋势,具备实用性与高性价比特点,可有效保护用户的投资。此次中山大学计算科学科研团队高性能计算系统的成功构建,再一次说明了曙光高性能解决方案绿色节能的独特优势。

目前,中山大学的高性能计算平台上有多个领域的各种应用,例如生命科学领域的进化基因组学与基因功能分析整合及应用、地理科学领域的基于网格计算的地理模拟系统(GSS)平台、环境科学领域的城市群空气质量数值预报和应急救援污染扩散预警、生物化学领域的QM/MM-FEP研究亚铁螯合酶催化机制、信息科学领域的云计算-桌面虚拟化等等。

作为国内高性能计算领域领军企业,曙光公司推出“产品+软件服务+解决方案”一揽子GPU产品解决方案,以重点客户、重点区域为突破点,带动整体GPU产品销售;并以其特有的GPU监控、加速系统等国内领先技术在GPU行业技术领域取得了重大的突破成果。

[责任编辑:王光]
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